微生物肥料是指含有特定微生物活體的制品，應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，提高產量，改善農產品品質及農業生態環境。
但是也有用戶反映效果不穩定，同一批次的品種在不同作物、不同時期、不同用量的情況下效果差異很大。經過調查發現，引起效果不穩定有產品本身的問題，也有儲運和用戶使用的問題。
因用戶不正確使用造成微生物肥料效果降低的現象十分常見，農戶使用這類肥料中存在諸多誤區。
誤區一：菌的種類越多、菌種數量越大越好
下鄉經常聽到菌肥2個億的賣多少多少錢，0.2億的怎么比2億的價格還高啊？甚至還有人說5個億的價格比你都低呢。又去看看市場，持這種看法的人還真不少。很多農民都是以菌含量來判斷菌肥優劣的。
微生物的成本應該由三部分組成：有效功能菌、載體和其他添加物。菌固然是成本的首要因素，否則就不是菌肥了。但目標菌、功能菌、活菌、基礎菌、總菌數、菌落數、根際細菌，五花八門的叫法很多。
定義不同，意義就不同，隨意抓片樹葉就含菌幾萬，不能說這含菌的樹葉就值多少錢。各種定義的菌差異很大，確切的概念應該是有效功能菌；不同的菌種，功能、效果不同，成本也會有很大差異。
數量不能代表全部，不但要看菌數量，還要看有效活菌的數量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌數量越大效果會表現越好，國家標準：微生物菌劑產品顆粒的是≥1億，液體是≥2億。生物有機肥是≥0.2億，是國家相關專家經過多年的理論和實踐制定的，肯定是具有實際的指導意義的。
而且，復合菌劑的使用效果會受到不同菌種生長習性的影響，盲目的復合，極易造成菌種間的拮抗，影響效果發揮。
影響產品使用效果的因素除了菌的種類及數量外，菌的純度至關重要，當產品中霉菌雜菌數及雜菌率超標時也會影響應用，市場上少數不合格產品中會含有致病菌，本意是用有益菌修復土壤，使用了不合格品種，反而會引起致病菌繁殖，導致病害發生。
誤區二：靠起效速度評價產品好壞
微生物的生命活動，除了會分解土壤中難溶及被固定的元素，增加營養元素的供應量，利用自然界的物質轉化為植物生長所必須的物質，促進作物產量提高外，還能產生植物生長刺激素和拮抗某些致病微生物的作用，可減輕作物病蟲害的發生，肥料效果的發揮與微生物菌群繁殖速度、菌群數量關系緊密，菌群生長存在周期，這一點是與化學肥料和植物調節劑的區別，這也就出現了微生物肥料高效性不如化學肥料與植物調節劑的現象。
起效慢并無意味著菌劑及菌肥是無效果的，能在較短時間內就可以看到作物長勢明顯改善的品種也未必是好的菌肥或菌劑，其中也不乏一些添加了植物調節劑的品種。
誤區三：分不清使用的是菌劑還是菌肥
農用微生物菌劑是指目標微生物（有益菌）經過工業化生產擴繁后制成的活菌制劑，它具有直接或間接改良土壤、恢復地力，維持根際微生物區系平衡，降解有毒、有害物質等作用；應用于農業生產，通過其中所含微生物的生命活動，增加植物養分的供應量或促進植物生長，改善農產品品質及農業生態環境。
微生物菌肥包含復合微生物肥料和生物有機肥，復合微生物肥料是指目的微生物經工業化生產增殖后與營養物質復合而成的活菌制品；生物有機肥是指目的微生物經工業化生產增殖后與主要動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經處理的有機物料復合而成的活菌制品。
菌劑、菌肥區別在于產品中營養物質及有機物料的含量，使用中需結合實際需求選擇對路產品。
誤區四：一個季節使用一次就可以
部分微生物菌種施入土壤后會大量繁殖，當數量達到一定程度后就會成為優勢菌群，但隨著外部環境的改變，如化肥的超量使用、殺菌劑的使用、燜棚、高溫等，都會導致有益菌死亡，從而影響有益菌群在土壤微生物系統中的地位，要繼續保持有益菌群的地位，就需要在作物的生長期多次使用微生物肥料來補充有益菌。
誤區五：一種菌可以解決多種問題
少數用戶在選購微生物肥料時只注重是不是含菌，而不關注菌的種類，缺乏對癥用菌的意識，使用了不對癥的菌品種，產品效果難以發揮，難以達到用戶目的。現階段在農業部獲得登記的微生物品種有根瘤菌菌劑、固氮菌菌劑、解磷類微生物菌劑、硅酸鹽微生物菌劑、光合細菌菌劑、有機物料腐熟劑、促生菌劑、菌根菌劑、生物修復菌劑。
不同品種具有的功能不同，微生物肥料的作用會體現在六個方面：提供或活化養分功能；產生促進作物生長活性物質能力；促進有機物料腐熟功能；改善農產品品質功能；增強作物抗逆性功能；改良和修復土壤功能。要結合需求、菌種特點、菌種功能選用對癥的產品。
誤區六：超過保質期使用就沒有效果
農用微生物菌劑國家標準規定，“農用微生物菌劑產品”及“有機物料腐熟劑產品”液體制品保質期為3個月，粉劑及顆粒制品為6個月。
超過保質期并不意味著產品沒有效果，要區別對待。在實際應用中，也發現了一些特例，如熒光假單胞菌劑制品（液體），超過保質期使用非但沒有減效，作用較之前更突出，有待進一步研究。
誤區七：微生物肥料可以替代化肥
土壤肥力由生物肥力、化學肥力、物理肥力三部分組成，使用微生物肥料后能提高土壤的生物肥力，可以間接促進化學肥力和物理肥力的提高。使用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，減少部分化肥的投入。
誤區八：習慣與化學農藥混用，降低活性
微生物肥料中含有活菌成分，將微生物肥料與殺細菌藥劑混合使用且長時間放置，極易影響菌的活性降低并造成部分菌死亡。
誤區九：輕視使用量，效果打折扣
使用微生物肥料產品能取得好的效果，前提是要用足量。土壤中的微生物種類繁多、數量巨大，接種的外來有益菌要形成優勢菌群，需要經歷來自環境的考驗和土壤原有微生物的競爭，為了促進有益菌的繁殖需要人為創造有利于有益菌生長的條件，如改良酸化土壤，調整土壤酸堿度；增施有機肥，提高土壤物理肥力；增加微生物菌的數量等。
誤區十：使用時期掌握不當
微生物肥料使用方式靈活多樣，液體菌劑可以用來拌種、浸種、噴施、蘸根、灌根；固體菌劑可以用來拌種、蘸根、混播、混施，不同的使用方式對效果有一定的影響，應避免在土壤表層撒施、高溫強光下噴霧，做底肥、溝施、穴施、灌根使用時采取局部用肥的方法會有利于肥效的發揮，與未腐熟的畜禽糞混合使用時，腐熟過程中的高溫對菌劑活性和數量會產生影響，建議將畜禽糞腐熟后再混用。
為更好的發揮微生物肥料效果，避免單一方式的使用，建議根據菌種的特性將以上方法組合使用。
微生物肥料主要有六個方面的作用，作用的發揮是建立在菌繁殖的基礎上的，繁殖需要時間，為了更好的發揮肥料效力，應避免在作物已經出現脫肥或需肥高峰期使用，應將用肥提前到種植前或需肥高峰期來臨前10-15天。