菌核病也是萵筍的主要病害之一，特別是近年來隨保護地的發展，為害在加重。輕者，發病率達10%-20%；中等者，發病率達30％左右；重者達40％以上，對產量威脅很大。除為害萵筍外，還可為害葫蘆科、茄科等多種蔬菜。
【癥狀】：
主要為害莖基部。被害后，起初產生呈水漬狀淺褐色的不規則的病斑，后來逐漸擴展到整個莖基部腐爛，或者沿葉幫向上發展，造成爛幫、爛葉，***后植株萎蔫枯死。在濕度大時，病部產生有密絮狀的白色菌絲體，后來在莖內外形成菌核，開始菌核呈白色，以后漸漸變成呈黑色的鼠糞狀的菌核。識別要點：被害部位發生在莖基部；病部上生有呈白色的棉絮狀菌絲體；有黑色的鼠糞狀的菌核。
【病因】：
1.病原菌菌核病是由于囊菌亞門核盤菌侵染所致。子囊盤呈杯狀，淡黃褐色，盤下有柄；子囊呈棍棒狀，內含有8個子囊孢子；子囊孢子呈橢圓形或梭形，無色、單胞；菌核黑色，呈長圓形或不規則形。
2.侵染循環菌核病病菌是以菌核遺留在土壤中或混雜在種子中越冬，在土壤中可存活1年（土壤潮濕）至3年（土壤干燥），是病害初侵染來源。第二年春天，遇條件適合時，菌核即萌發，產生出子囊盤和子囊孢子，當子囊孢子成熟后即從盤中射出，靠氣流傳播。子囊孢子萌發后長出芽管，從衰老的弱組織中侵入，植株發病后，產生的菌絲也可直接侵染健株。如此循環，進行再侵染，后來形成菌核越冬。
【防治方法】：可選用托上托、菌核凈、多菌靈等。