小麥施足底肥，可以促進壯苗早發和根系的生長，而且，冬前可以形成一定數量的健壯分蘗，為春后生長成穗、增粒、增重打下基礎。據調查，近幾年，從100戶農民施肥情況調查得知：40%的農戶小麥施肥習慣是肥料全部基施，這種施肥方法不僅會引起苗期旺長、穗期倒伏，而且遇倒春寒易受凍，后期易脫肥。
小麥的底肥施用時間是在播種前耕翻整地施入，可以將肥料深施于犁底，然后翻垡蓋土；土壤粘重地塊，采用先撒肥后耕翻，將肥料翻入土中。底肥的施用數量應根據產量的要求，肥料種類、性質、土壤和氣候條件而定。磷、鉀肥在土壤中的移動性小，一般全部底施；而氮肥的移動性大，一般分期使用為好，應在磷、鉀肥和有機肥全部基施的基礎上，將氮肥總量60%-70%基肥施入，30%-40%追施；由于玉米秸稈還田地塊的秸稈氨化腐爛需要一定的氮素養分，小麥苗期也需要一定的氮素營養，為了減少秸稈腐熟與麥苗生長掙氮要適當施用一定數量的尿素。小麥一般每畝底施尿素10千克、磷酸二銨20-25千克、氯化鉀或硫酸鉀20－30千克，有效養分含量30千克左右。
在小麥化肥與禽畜糞等優質有機肥結合施用，不僅可以大大提高土壤的有機質含量，可以提高保肥保水能力和提高肥料的利用率，但在實際生產中的應用比例較小，只占到2%左右；底肥數量多時，應全層施用，粗肥可在耕地前深施；底肥數量少時，應集中施用，采用條施或穴施的辦法。磷肥與有機肥混合施用，對于磷肥可以減少土壤對磷的吸收，對于難溶性的磷肥，有利于磷的釋放和被作物吸收。