微生物菌肥在我們生活中發揮了很大的作用，或改善土壤板結、作物營養品質的改進、病蟲害的降低、減少化學肥料的用量等等，但是在使用時要注意很多問題，以金寶貝微生物菌肥為例供參考：
1.微生物菌肥應該存儲于陰涼干燥處，避免陽光直接暴曬。
2.如使用其它產品必須與使用金寶貝微生物菌肥時間前后間隔48小時以上。
3.微生物菌肥與化肥同時使用時，注意即混即施不宜久存，不能與氨味較大的化肥混用。
4.干燥的土壤使用時適當澆水。
5.視不同花卉、不同大小酌情增減用量。
6.本品，但應防止兒童誤食。
其他參考答案：
1.必須選擇正規廠家生產，證件齊全含菌量高的在農業部注冊登記的正規產品，并注意產品上標注的生產日期，放置時間過長的微生物肥料中的微生物的活性下降。
2.微生物肥料本身養分含量低，必須與其他肥料搭配施用。施用這類肥料后，可以適當減少化肥的施用量。
3.土壤濕度不能過干過濕。
4.微生物肥料不能和劑同時使用。
5.微生物肥料不論是做基肥，還是追肥，都不能暴露在土壤表面。由于陽光照射，使微生物的活性下降。
回答者：大白 2014/4/30 16:48:47
一是避免開袋后長期不用，如若開袋后長期不用，其他菌就可能侵入袋內，使微生物菌群發生改變，影響其效果。
二是避免在高溫干旱條件下施用。在高溫干旱條件下，微生物生存和繁殖就會受到影響，不能發揮良好的作用。應選擇陰天或晴天的傍晚施用這類肥料，并結合蓋土、蓋糞、澆水等措施，避免微生物肥料受到陽光直射或因水分不足而難以發揮作用。
三是避免與未腐熟的農家肥混用。這類肥料與未腐熟的農家肥堆漚或混用，會因高溫殺死微生物，影響其肥效。同時也要避免與過酸過堿的肥料混用。四是避免與農藥同時施用。化學農藥都會不同程度的抑制微生物的生長和繁殖，甚至殺死微生物。若需要施用農藥，也應將施用時間錯開。不能用拌過殺蟲劑、劑的種子拌微生物
回答者：大白1 2014/4/30 16:47:55