病原菌隨病殘體在土壤中越冬，種子也可帶菌，成為第二年初侵染源。
1、品種的抗性和氣候條件。不同品種的抗病性不同，有的品種易感此病；玉米苗期低溫多雨是苗枯病發生的主要誘因。農機碾壓造成土壤板結，造成出苗緩慢，苗弱也易感染此病。
2、病殘體、土壤帶菌和種子帶菌。連作種植是造成病殘體、土壤帶菌的主要原因；種子帶菌率高發病嚴重，這是苗枯病發生的主要原因。
3、土壤與管理措施 。地勢低洼，有機質含量低土壤貧瘠，粘土的地塊發病重，播種過深出苗時間延長或苗期蟲害嚴重造成幼苗傷口多時，也易發病。
防治方法：
（一）農業措施
1、選用抗耐病強優質高產的品種
2、合理施肥，合理施肥是減輕苗枯病的一項重要措施，播種時要適施基肥，增施磷肥，培育壯苗；增施腐熟的有機肥料。嚴禁生糞上地，阻斷肥料帶菌途徑，減少發病。
3、加強田間管理：玉米出苗后或雨后及時中耕，以利于根部透氣，促進根系生長。
4、輪作倒茬。要盡量合理安排茬口，與非玉米茬作物輪作。
（二）藥劑防治
1、種子處理 用50%多菌靈可濕性粉劑按種子重量0.2%的用藥量拌種；或用70%甲基硫菌靈（甲基硫菌靈）可濕性粉劑500倍液浸種；或用25%適樂時（咯菌腈）按種子量的0.2%拌種；或用玉米專用種衣劑或使用包衣種子，既殺蟲又壯苗，一舉多得。
2、苗期發病 可選用50%多菌靈600倍液，20%三唑酮1000倍液，惡腐靈3000倍液，對基部噴霧，使根部著藥，連噴兩次。